由于仓单质押业务涉及到法律、管理体制、信息安全等一系列问题，并会随着实践的深入逐渐显露。因此，尽管仓单质押融资渐成中小企业融资新趋势，但风险仍然存在，具体总结如下：

1.动产质押物选择风险

由于市场价格的波动和金融汇率的变化，会造成动产质押物在某段时间的价格和质量随时发生变化，从而造成动产质押物变现能力的改变，因此并不是所有的商品都适合作仓单质押。

2.信用风险

这种信用风险是多方位的，包括：借款人的业务能力、业务量及动产质押物的合法性，形成仓库潜在的风险;在滚动提取时提好补坏，以次充好的质量风险;第三方物流企业为了争取业务，与借款人一起弄虚作假，对动产质押物进行虚假资产评估风险;个别借款人串通第三方物流企业有关人员出具无实物的仓单向银行贷款而形成的风险等等。

3.仓单风险

仓单是质押贷款和提货的凭证，是有价证券，也是物权证券，但目前仓库所开的仓单还不够规范，有的仓库甚至以入库单作质押凭证，以提货单作提货凭证。

4.动产质押物的监管风险

在质押物的监管方面，由于第三方物流企业仓库同银行、担保公司之间的信息不对称、信息失真或信息滞后都会导致任何一方的决策失误，造成质押物的监管风险。

5.法律风险

由于仓单质押贷款业务涉及多方主体，动产质押物的所有权在各主体间进行流动，很可能产生所有权纠纷。而我国的《担保法》和《合同法》中有关仓单质押的条款并不完善，直到《物权法》出台才对质权做了明确界定，在此期间仍会存在法律纠纷风险。

6.内部管理风险和操作风险

许多仓库的信息化程度很低，还停留在人工作业的阶段，会增加内部人员作业和操作失误的机会，形成管理和操作风险。