单位不能因为员工被隔离，而终止与其的劳动合同。
对于被隔离观察、被采取隔离措施或者被采取其他紧急措施的员工，根据各地政府的通知规定，企业同样不得依据《劳动合同法》第四十、四十一条单方解除劳动合同，而且劳动合同期限应当顺延至隔离期、隔离措施或者其他紧急措施结束为止。
新型冠状病毒感染的肺炎患者如果医疗期满，在劳动合同期内的不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以与其解除劳动合同;医疗期满时劳动合同也已期满的，用人单位可以终止劳动合同，按《中华人民共和国劳动合同法》的规定支付经济补偿。
法律依据：《劳动合同法》第四十二条